حضرت آيت الله حاج سيد علي حسيني خامنه اي در سال 1318 در شهر مقدس مشهد پا به عرصه وجود گذاشتند. خانواده ایشان از روحانيون معتبر به شمار مي آمدند و پدرشان آيت الله آقاي حاج سيد جواد از مجتهدين و علماي به نام مشهد بود كه سالهاي طولاني صبحها در مسجد گوهرشاد و ظهرها و شبها در مسجد بازار مشهد، اقامه جماعت مي نمود. جد ايشان آيت الله سيد حسين خامنه اي از علماي آذربايجان مقيم نجف بود. وي قبلا در محله «خيابان » تبريز اقامت داشت، سپس به نجف اشرف سفر كرده و درآنجا به درس و بحث اشتغال ورزيده بود. وي مردي پرهيزكار و اهل علم وتقوي و زهد بود كه عمري را با قناعت گذارنده بود.مادر ايشان، دختر آقا سيد هاشم نجف آبادي ميردامادي است كه از علماي معروف مشهد بود. وي زني پاكدامن و آشنا به مسائل اسلامي و متخلق به اخلاق الهي است.
دوران كودكي با تربيت پدري سخت گير و مراقب اما به شدت مهربان و دوست داشتني و مادري مهربان تر، در نهايت عسرت و تنگدستي با حاصلي از زي طلبگي قرين بود. حضرت آيت الله خامنه اي در اين باره مي گويند: «دوران كودكي ما بسيار در عسرت مي گذشت، خاصه كه كودكي من مصادف با ايام جنگ نيز بود با اينكه مشهد در كرانه جنگ واقع بود و همه چيز نسبت به شهرهاي ديگر كشور در آن ارزان و فراوان بود؛ معهذا وضع خانواده ما به طوري بود كه ما حتي هميشه نمي توانستيم نان گندم بخوريم و معمولا نان جو مي خورديم، من شبهايي از كودكي را به ياد مي آورم كه در منزل شام نداشتيم و مادر با پول خردي كه بعضي وقتها مادر بزرگم به من يا يكي از برادران و خواهرانم مي داد، قدري كشمش يا شير مي خريد تا با نان بخوريم...منزل پدري من كه در آن متولد شده ام تا 4 ـ5 سالگي من يك خانه حدود 60 ـ 70 متري در محله اي فقير نشين در مشهد بود كه فقط يك اطاق داشت و يك زير زمين تاريك و خفه».
تحصيلات ابتدايي
معظم له تصديق ششم را دور از چشم پدر با رفتن به كلاس شبانه دريافت مي دارد و سپس مخفيانه در كلاسهاي دبيرستان نام نويسي كرده، و دوره متوسطه را طي دو سال به صورت جهشي مي خوانند وديپلم مي گيرند. از نظر علوم اسلامي در همان مدرسه اسلامي، ادبيات عرب را شروع مي كنند. و سپس در چهارده سالگي به مدرسه علوم دينيه «سليمان خان » مي روند و ادبيات عرب را در آنجا به پايان مي رسانند. شرايع را هم در درس پدر شركت مي كنند و هنگامي كه به كتاب حج مي رسند، پدر به ايشان مي گويند كه در درس شرح لمعه كه مبحث حج رسيده بود شركت كنند و هم مباحثه با برادرشان، حاج سيد محمد آقا بشوند. بعد از مدرسه سليمان خان به مدرسه علوم دينيه نواب مي روند و سطح را به پايان مي رسانند . پس از آن در دروس خارج مرحوم آيت  الله العظمي ميلاني شركت مي نمايند، و اين كم نظير بود كه جواني در سن 16 سالگي بتواند در درس خارج شركت نمايد.
تحصيلات عالي
معظم له دروس سطح را نزد اساتيدي چون آقاي علوي، آقاي مسعود، پدر بزرگوارشان، مرحوم آقا ميرزا احمد مدرس يزدي، مرحوم آيت الله حاج شيخ هاشم قزويني كه ايشان از شاگردان مرحوم آقا ميرزا مهدي اصفهاني و اهل رياضت و مدرس درجه يك مشهد و بسيار مرد محترم و ملا و معروف بودند و در بين خواص مشهد مرد آزاده و روشن ضميري بودند، به خصوص در نزد اهل علم به مدت پنج سال و نيم خوانده اند، و درس خارج را هم نزد استاتيدي چون: مرحوم آيت الله ميلاني، آيت الله حاج شيخ هاشم قزويني و درس فلسفه را نزد آيت الله ميرزا جواد آقا‌ تهراني خوانده و ايشان كتاب منظومه و مطالب مرحوم حاج ملا هادي سبزواري را درس مي گفته و رد مي كرده اند، كه در حقيقت اين درس منظومه ايشان رد منظومه بوده و پس از مدتي بنا به پيشنهاد يكي از دوستانشان به درس آقا شيخ رضا ايسي كه در مشهد ملاي قديمي و فاضل و حكيم و خيلي هم معتقد به حكمت بوده شركت نموده اند.
عزيمت به نجف و قم
ايشان پس از درك محضر اساتيد بزرگوار ايران به نجف رفته و در درسهاي آيات حكيم، خوئي، شاهرودي و آقا ميرزا باقر زنجاني و مرحوم ميرزا حسن يزدي و آقا سيد يحيي يزدي شركت نموده اند. معظم له در شرح زندگاني خود فرموده اند: «اما در بين همه اين درسها يكي از درس آيت الله حكيم خيلي خوشم آمد، به خاطر سليس بودن و رواني اش و با نظرات فقهي خيلي خوبي كه داشت و يكي هم درس آيت الله آقا ميرزا حسن بجنوردي كه در مسجد طوسي درس مي گفت و از درس ايشان هم خوشم آمد، تا اينكه تصميم گرفتم در نجف بمانم، لذا به پدرم نامه نوشتم كه اگر مي شود من اينجا بمانم، اما پدرم موافقت نكرده بنابراين آمدم مشهد و بعد از مدتي راهي قم شدم و در قم تصميم گرفتم همه درسها را ببينم تا هر كدام را پسنديدم به همان درس بروم، كه همين كار را هم كردم و از ميان همه آن درسها، يكي از درس امام و بعد از آن درس آيت الله آقا مرتضي حاج شيخ و ديگري درس آيت الله العظمي بروجردي را ميرفتم، و در درس فقه و اصول امام هم مستمرا شركت مي كردم . در قسمت فلسفه هم يك مقدار از اسفار و يك مقدار هم شفا را از درس علامه طباطبائي استفاده كردم».
مبارزات
آيت الله خامنه اي، مجاهدي شجاع و با تقواست كه در سراسر زندگي پر بركتش همواره در جهاد به وسيله قلم و سخن و سلاح بوده و به خصوص از سال 1341 كه امام بزرگوار نهضت عظيم اسلامي را آغاز نمود، دقيقه اي از تلاش و جهاد باز نمانده است. شرح اين همه مبارزه، خود چندين جلد كتاب مي خواهد . تنها در اين مختصر اشاره اي خواهيم داشت.
حضرت آيت الله خامنه اي در اين باره خودشان مي فرمايند: «در ارتباط با ورود به ميدان مبارزه و مسائل سياسي، سالهاي 32 ـ 31 بود كه شنيدم مرحوم نواب صفوي آمدند و به مشهد كه دراين ارتباط يك جاذبه پنهاني مرا به طرف مرحوم نواب مي كشاند و خيلي علاقه مند شدم نواب را ببينم، تا اينكه خبر دادند نواب مي خواهد به مدرسه سليمانخان كه من هم از طلاب آنجا بودم بيايد كه آن روز ورود مرحوم نواب به مدرسه سليمان خان جزو روزهاي فراموش نشدني زندگي من است.وقتي ايشان با يك عده از افراد فدائيان اسلام كه كلاه پوست مخصوص به سر داشتند، وارد مدرسه شده به هئيت ايستاده و با شعار كوبنده شروع به سخنراني كرد. محتواي سخنراني اش هم اين بود كه بايد اسلام زنده شود و اسلام حكومت كند و در اين ارتباط پرخاشگرانه، شاه، انگليس و مسؤولين مملكتي را متهم به دروغگويي كرد و گفت: اين مسؤولين مسلمان نيستند؟
من كه براي اولين بار اين حرفها از زبان مرحوم نواب به گوشم مي خورد؛ آن چنان حرفهايش در دلم نشست كه دوست داشتم هميشه با او باشم و همانجا اعلام شد كه فردا آقاي نواب از مهديه به مدرسه نواب خواهد رفت و فرداي آن روز مرحوم نواب به هئيت اجتماع از مهديه به سوي مدرسه نواب حركت كرد و در بين راه خطا ب به مردم با صداي بلند شعار مي داد و مي گفت: برادر غيرتمند مسلمان، بايد اسلام حكومت كند تا اينكه به مدرسه نواب وارد شد و آنجا هم با تمام وجود يك سخنراني مفصل و هيجانگيزي ايراد كرد و بعد از سخنراني به ايشان پيشنهاد اقامه نماز جماعت شد كه قبول كردند و نماز را به امامت ايشان خوانديم و بعد از ‌آن كه مرحوم نواب از مشهد رفتند، ما ديگر از او خبر نداشتيم تا اينكه خبر شهادتش به مشهد رسيد و وقتي خبر شهادت ايشان به مشهد آمد، ماها از روي خشم و غيض منقلب شده بوديم، به نحوي كه در صحن مدرسه شعار مي داديم و از شاه بدگويي مي كرديم و نكته قابل توجه اين است كه مرحوم آيت الله حاج شيخ هاشم قزويني در مشهد تنها روحاني بود كه بر اساس همان آزادگي و بزرگ منشي اش در مقابل شهادت مرحوم نواب عكس العمل نشان داد و در مجلس درس از شهادت مرحوم نواب صفوي و يارانش به وسيله دستگاه حاكم انتقاد شديد كرد و تاثر خودش را از شهادت آنها ابراز داشت و گفت مملكت ما كارش به جايي رسيده كه فرزند پيغمبر (ص) را به جرم گفتن حقايق مي كشند! و لذا از همان وقت جرقه هاي انگيزش انقلابي اسلامي به وسيله نواب صفوي در من به وجود آمده و هيج شكي ندارم كه اولين آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن كرد. بنابراين آن حالت رنگ پذيري از مرحوم نواب سبب شد كه در همان سال 34 يا 35، اولين حركت مبارزاتي ما شروع شود، به اين شكل كه يك استانداري بن نام «فرخ» براي مشهد آمده بود و اين شخص به هيچ يك از مظاهر و ضوابط ديني احترام نمي گذاشت ؛ از جمله اينكه در ماه محرم و صفر كه معمول بود سينماهاي مشهد تعطيل مي شد، ابتدا تا چهاردهم محرم اعلام تعطيلي كرد و بعد يك قدري سر و صدا شد تا بيست محرم تجديد كرد و لذا ما چند نفر بوديم كه نشستيم يك اعلاميه در ارتباط با امر به معروف و نهي از منكر نوشتيم و با پست به اين طرف و آن طرف فرستاديم».
مبارزه از سال 41 به بعد
حوزه علميه قم در سال 41 با نداي امام امت به پا خواست و شور ديگري در اين مركز علم و تقوي و جهاد و شهادت پديد آمد. علما و طلاب با تلاشي خالصانه و بامردانگي تمام، سخنان و رهنمودهاي امام و ساير مراجع را به اقصي نقاط ايران مي بردند و حضرت آيت الله خامنه اي در اين مورد، نقش سازنده و عظيمي را ايفا نمودند و ضمن فعاليتهايي كه در قم داشتند ارتباط خود را با علما و طلاب مشهد تقويت نمودند و كوشيدند با استفاده از فعاليتهاي ساير علماي خراسان هر چه بيشتر و بهتر طلاب را تجهيز نمايند. اين فعاليت، آن چنان مؤثر و چشمگير بود كه در سال 1342 از طرف امام ماموريت يافتند، سه پيام را به مشهد ببرند. سه پيامي كه با محرم سرنوشت سازي كه پانزده خرداد در آن اتفاق افتاد، ارتباط داشت.  ايشان پس از آغاز مبارزات تا انقلاب اسلامي در 22 بهمن 57 اكثر عمر پر بركتشان را يا در زندان و يا در تبعيد به سر برده يا بعلت تعقيب توسط ساواك متواري بوده اند.
مسؤوليتهاي معظم له پس از انقلاب اسلامي
1 ـ شوراي انقلاب اسلامي
2 ـ كميته استقبال از امام خميني
3 ـ ماموريت به سيستان و بلوچستان
4 ـ نماينده شوراي انقلاب در وزارت دفاع
5 ـ سرپرستي سپاه پاسداران انقلاب اسلامي
6 ـ رسيدگي به امور دانشجويان
7 ـ امامت جمعه تهران
8 ـ نمايندگي مجلس شوراي اسلامي
9 ـ مشاوره امام خمینی در شوراي عالي دفاع
10 ـ رياست جمهوري
پس از رحلت جانگداز رهبر كبير انقلاب _ ره _ ، تمامي افكار خلع وجود رهبر در نظام مقدس را احساس و اظهار نگراني مي نمود ولي تاكيد امام خميني به شايستگي حضرت آيت الله خامنه اي براي رهبري نظام جمهوري اسلامي ايران بارقه اميدي در دل انقلابيون پديدار ساخت و از آن تاریخ تا کنون ایشان سکان کشتی انقلاب اسلامی را در دست گرفته و به خوبی رهنمون شده اند.

سوابق تدريس
ايشان تدريس را از اولين روزهاي طلبگي رسمي، يعني بلافاصله بعد از تمام شدن دوره دبستان شروع كرده و اولين تدريس، ايشان كتاب امثله يا صرف مير بوده كه براي دو شاگرد بزرگسال از روضه خوانهاي مشهد تدريس مي نموده اند و تا سال 1337 كه در مشهد بوده، كتابهايي از صرف، نحو، معاني، بيان، اصول و فقه تدريس مي كرده اند. و در قم هم در كنار دروسي كه مي خوانده اند، تدريس نيز مي كرده اند. پس از برگشتن از قم به مشهد، در سال 1343 تدريس يكي از برنامه هاي اصلي و هميشگي ايشان بوده و در طول اين سالها 1356 سطوح عاليه، مكاسب و كفايه تفسير و عقايد تدريس مي كرده اند . و هم اكنون درس خارج ايشان كانوني گرم براي طالبان علوم آل الله مي باشد.
تأليفات
كتاب الجهاد درس خارج معظم له

چهار كتاب اصلي علم رجال

استفتائات

حكومت در اسلام

دررالفوايد في اجوية القائد

درسهايي از نهج البلاغه

سيري در زندگي امام صادق

گفتاري در باب صبر

شخصيت سياسي حضرت رضا

گفتاري در وحدت و تحزب

شهيد آغازگر

صلح امام حسن

پبشواي صادق

آينده در قلمرو اسلام
ادعانامه عليه تمدن غرب

از ژرفاي نماز

انوار ولايت

بازگشت به نهج البلاغه

بحثي در نبوت

ترجمه تفسير في ظلال القرآن

پژوهشي در زندگي امام سجاد

رسالت انقلابي نسل جوان
عنصر مبارزه در زندگي ائمه